En mikrosekund på tre veckor

De proteiner som sitter som dörrvakter i våra celler och släpper in och ut ämnen, de är viktiga när man vill utveckla skräddarsydda mediciner med färre biverkningar.

Men det har varit svårt att se vad proteinerna egentligen har för sig, men med hjälp av en superdator har nu svenska forskare simulerat hur ett nervcellsprotein jobbar.

Erik Lindahl på Cellmembran-centrum vid Stockholms Universitet visar hur det går till att simulera membranproteinerna som sitter i våra cellväggar. En liten film visar vid som händer under en mikrosekund, en miljondels sekund.

Tidigare har man bara fått ögonblicksbilder, men nu har man alltså simulerat hela skeendet genom att bygga upp en modell av proteinet, atom för atom, i datorn.

Det kan handla om en kvarts miljon atomer, som var och en växelverkar med sina 100-1000 grannatomer. Varje sådan växelverkan kan kräva 50 räknesteg. Då förstår man kanske lättare varför det tog tre veckor att räkna ut vad som händer under en mikrosekund. Nu är målet att komma upp till en millisekund och Erik Lindahl tror att simuleringarna kommer att revolutionera kemin.

Johan Thorstenson
johan.thorstenson@sr.se  

Grunden i vår journalistik är trovärdighet och opartiskhet. Sveriges Radio är oberoende i förhållande till politiska, religiösa, ekonomiska, offentliga och privata särintressen.
Du hittar dina sparade avsnitt i menyn under "Min lista".